hsa ----------CCGAUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUCUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUCGU-------------- miRbase UCSC ENSEMBL 5:159912359-159912457(+) -40.3 .(((((.((((((.(((((..((((((((((((.((.(((((.((.......))))))).)).)))))))))))).)))))))))))......))))).
ptr -----------CGAUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUCGU-------------- miRbase UCSC ENSEMBL 5:162576113-162576210(+) -42.8 (((((.((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))......))))).
ggo ----------CCGAUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUCGU-------------- ENSEMBL 5:144851463-144851562(+) -43.1 .(((((.((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))......))))).
ppy ----------CCGAUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCUG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCGUCGU-------------- miRbase UCSC ENSEMBL 5:162848366-162848464(+) -42.7 .(((((.((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))......))))).
mml ----------CCUAUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCGUCGU-------------- miRbase UCSC ENSEMBL 6:156876692-156876790(+) -38.7 .......((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))............
cja -----------------GUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUC------------------- ENSEMBL Contig135:5849141-5849228(+) -38.5 ((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).))))))))))).......
tsy --------------UGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAA-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGGUAUCUCUGUCA------------------ ENSEMBL scaffold_27402:17311-17402(-) -38.1 ...((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))........
mmr --------------UGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAUUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCGUCGU-------------- ENSEMBL GeneScaffold_4496:166897-166992(+) -35.8 ...((((((.(((((..((((((((((...((((((((.((.......))))))))))...)))))))))).)))))))))))............
oga -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
tbe -----------------GUAUGCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------CGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGGUAUCUCUGUCAUC---------------- ENSEMBL GeneScaffold_2431:272513-272603(+) -35.5 .....(((((((..((((((((((((.((((((((.((....))...)))))))).)))))))))))).)))))))..............
cpo -----------------GUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------CGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUCGU-------------- UCSC ENSEMBL scaffold_17:7375697-7375789(+) -39.0 ((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((....))...)))))))).)))))))))))).)))))))))))............
dor -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
mmu -------------------------AGCUCUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUAUAUCAA-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCU--------------------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 11:43187899-43187963(-) -26.6 ((((..((((((((((((.((((((((............)))))))).)))))))))))).))))
rno --------------UGUGUAUCCUCAGCUCUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUAUAGCAA-------UGUCAGACCUGUGAAGUUCAGUUCUUUAGCUGGGAUAGCUCUAUCGUCAU-------------- miRbase UCSC ENSEMBL 10:28476368-28476462(-) -40.0 ....(((((.(((((..((((((((((((.(((((((((((....)))..)))))))).)))))))))))).)))))))))).............
str ----------------------CUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUC------------------- ENSEMBL GeneScaffold_4072:147982-148064(+) -34.6 (((((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))...........
opr -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ocu -------------AUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUUAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUC---------------- ENSEMBL scaffold_13:14483740-14483834(-) -36.5 ....((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))..........
bta ----------CCCAUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUAGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAGUUUAGUUCUUUAGCUGGGAUAUCUCUAUCAUCCU-------------- miRbase UCSC ENSEMBL 7:71934149-71934247(+) -38.8 .......((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))............
ttr -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
vpa -------------AUGUGUGUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCCU-------UGUGAGACCUGUGAAGUUUAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCA------------------ ENSEMBL scaffold_90549:3318-3410(-) -36.1 ....((((((.(((((..((((((((((((.((((((((............)))))))).)))))))))))).)))))))))))........
ssc --------------------UACUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAU-------UGUCAGACCUGUGAAGUUUAGUUCUUCAGCUGGGAUAUC------------------------- miRbase ENSEMBL 16:60604390-60604467(+) -32.9 ..(((((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).))))))).....
cfa ------------------------------UGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAGUUCAGUUCUUCAG----------------------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 4:53451736-53451793(-) -23.7 .((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).))))))))))))...
fca -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
eca -------------------------AGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------CGUCAGACCUGUGAAGUUCAGUUCUUCAGCU--------------------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 14:19243271-19243335(-) -27.8 ((((..((((((((((((.((((((((.((....))...)))))))).)))))))))))).))))
mlu --------------UGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAGUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAGCUCUGUCAUCGU-------------- ENSEMBL scaffold_180642:100605-100700(-) -38.0 ....(((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))).............
pva --------------UGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUGUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUACCUCUGUCAUCGU-------------- ENSEMBL GeneScaffold_2979:244520-244615(+) -40.5 ...((((((.(((((..((((((((((((.((((((((.((.......)))))))))).)))))))))))).)))))))))))............
eeu -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
sar -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
cho --------------UGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUCUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAAUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUGUAUCAUCGU-------------- ENSEMBL scaffold_127116:1298-1393(-) -38.3 ...((((((.(((((..((((((((((((.((((((((............)))))))).)))))))))))).)))))))))))............
ete -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
laf -------------AUGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UCGUCUCAG-------UGUCAGACCUGUGAAGUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUC---------------- ENSEMBL scaffold_1:81796132-81796226(+) -40.8 ....((((((.(((((..((((((((((((.((((((((............)))))))).)))))))))))).)))))))))))..........
pca --------------UGUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UCGUCUCAG-------UGUCAGACCUGUGGAGUUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUGUCAUC---------------- ENSEMBL scaffold_3386:40854-40947(-) -47.6 ...((((((.(((((..(((((((((((((((((((((............))))))))))))))))))))).)))))))))))..........
meu ----------------UGUAUCUUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUCUUUG-------UAUCAGACCUAUGAAACUCAGUUCUUCAGCUGGGAUAUCUCUG--------------------- ENSEMBL Scaffold180129:696-782(+) -32.6 .((((((.(((((..(((((((((.((.((((((((............)))))))).)).))))))))).))))))))))).....
mdo ----------------UGUAUCUUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUCUUUG-------UAUCAGACCUAUGAAACUCAGUUCUUCAGCUGGAAUAUCUCUGUCAUC---------------- miRbase UCSC ENSEMBL 1:356034884-356034974(+) -30.3 .((((.(((((((..(((((((((.((.((((((((............)))))))).)).))))))))).)))))))))))..........
oan UUCAACUUGGAGAUUCAGUACGCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCACGGG-UUGUGAUUGCAAC-UCUGACAGACCCGUGGGGCUCAGUUCUUGAGCUGGGGUACCUCUGUCCUCGCAGAAUCCAGGAGAA miRbase UCSC ENSEMBL X1:22404743-22404871(-) -58.9 .....((((((......((((.((((((((.(((((((((.(((((((((((..((.......)).....))))))))))).))))))))))))))))))))).(((((....))))).))))))....
gga ---------------GUGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUAAUUGAAUCCUUUGUCAGACCCAUGGGGCUCAGUUCUUCAGCUUGGAUAUUUCUGUCUUC---------------- miRbase UCSC ENSEMBL 13:7555593-7555691(-) -39.4 ..((((((..((((..(((((((((.(((((((((((.....(((........)))))))))))))).))))))))).)))).))))))..........
mga ----------------UGUAUCCUCAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUGGG-UUGUAAUUGAAUCCUUUGUCAGACCCAUGGGGCUCAGUUCUUCAGCUUGGAUAUUUCUGUCUUC---------------- UCSC ENSEMBL 15:7439877-7439975(-) -39.4 .((((((..((((..(((((((((.(((((((((((.....(((........)))))))))))))).))))))))).)))).))))))..........
tgu --UGUGACGAAUGUUGGCAGUUCCCAGCUCUGAGAACUGAAUUCCAUGGACUGGUUCCAGUUCCAUGUGUUCAGUCCAUGGUAUUCAGUUCUCUAGCUUGGCUGCAUCAAACUUCACA------------- miRbase ENSEMBL 4:69209753-69209868(-) -54.3 .((((....((...((((..((.((((..(((((((((((.(((((((((((...((......))...))))))))))).))))))))))).)))).))))))..))....)))).
aca -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
xtr ---------------------UCUUAGCUUUGAGAACUGAAUUCCAUAGG-UUGUUAGAG--------GUUAGACCUAUGGUGCUUAGUUCCAUAGCUUGG------------------------------ UCSC ENSEMBL scaffold_3978:4782-4853(-) -27.0 .((.((((.((.(((((((...(((((((((...........)))))))))...))))))))).)))).))
dre ------GAGUUUGUUUUGAGCACUUUUCCCUGAGAACUGAAUUCCAUAGA-UGGUGUU-CAUGAAAAGUUC--AUCUAUGG-GCUCAGUUCUUCUGGCAAUCUGUUUAAUGUCUGCUACAAAUUC------ miRbase UCSC ENSEMBL 13:11738887-11739000(+) -37.94 ((((((((.(((((((..((.((..(((((((((..(((((((((((..............))))))))))).)))))))))..)).))..)))))))........))))))))
gac ------------------------------UGAGAACUGAAUUCCAUAGA-UGGUGGCAUCUUCAGGUGUC--AUCUAUGG-GCUCAGUUCUUUUGGUACGGU---------------------------- UCSC ENSEMBL groupVI:8371109-8371178(+) -28.5 .(((((((((..((((((((((...(((((....))))))))))))))).)))))))))..........
ola ------------------------------UGAGAACUGAAUUCCAUAGA-UGGUAGCUUUUCUAGGUGUC--AUCUAUGG-GCUCAGUUCUUUUGGCAUGG----------------------------- UCSC ENSEMBL 15:22802329-22802397(-) -28.1 .(((((((((..(((((((((((((.((.....)).))))))))))))).))))))))).........
tru ----------------------------CAUGAGAACUGAAUUCCAUAGA-UGGUGACAUUUGUAUGCUUC--AUCUAUGG-GCUCAGUUCUUUUGGCUCG------------------------------ UCSC ENSEMBL scaffold_24:612109-612178(-) -28.1 ((.(((((((((..(((((((((((...(((....)))..))))))))))).))))))))).)).....
tni --------------------------GCUGUGAGAACUGAAUUCCAUAGA-UGGUGACAUUUGUAUGUGUC--AUCUAUGG-GCUCAGUUCUUUUGGCU-------------------------------- UCSC ENSEMBL 17:4971498-4971567(+) -31.7 ((((.(((((((((..((((((((...((((((......)))))))))))))).))))))))).)))).
cin -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
csa -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
dme -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
cel -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
**************** * * * * ** * ***** *
***************** * * * * * * ** * ****** *
***************** * * ** * * * ** * ******* *
***************** * * ** ** * * ** * ******* *
* ***************** * * ** *** * ** ** * ******* *
*** ***************** * * ** *** * ** ** ********* ** *
**** ***************** ** * ** ********** ** ********* **** *
**** ******************** * ** * ********** ** ********* **** * *
* **** ******************** **** * ********** ** ********* **** ** *
**************************** **** ** ********** ** ************** ** * *
**************************** **** **** ********** ** * ************** ** ** *
* * **************************** **** **** ********** **** *************** ** ** *** *
** * **************************** ********* *************** ****************** ** **** **
**** **************************** ********* *************** ************************** **
********************************* ********* *************** ***************************** *
********************************** ********* *************** ***************************** **
********************************** ********* *************** ***************************** **
* ********************************** ********* *************** ***************************** **
************************************ ********* ********************************************* **
************************************ ********* ********************************************* **
************************************ ********* ********************************************* **
************************************ ********* ************************************************
************************************ ********* ************************************************
************************************ ********* ************************************************ *
************************************ ********* ************************************************ *
************************************ ********* **************************************************
************************************ ********* **************************************************
************************************* ********* **************************************************
************************************* ********* **************************************************
************************************* ********* **************************************************
*************************************** ********* * ** **************************************************
**************************************** ********* * ******************************************************
**************************************** *********** ******************************************************
* **************************************** *******************************************************************
* **************************************** ******************************************************************* **
***********************************************************************************************************************************