hsa AGUAUAAUUAUUACAUAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAG---------------- miRbase UCSC ENSEMBL 2:56210102-56210211(-) -31.9 .(((.......)))...((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).))))... ptr AGUAUAAUUAUUACAUAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- miRbase UCSC ENSEMBL 2a:57299675-57299783(-) -31.9 .(((.......)))...((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. ggo AGUAUAAUUAUUACAUAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAG---------------- miRbase -31.9 .(((.......)))...((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).))))... ppy AGUAUAAUUAUUACAUAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGCCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAG---------------- miRbase UCSC ENSEMBL 2a:55027671-55027780(+) -31.4 .(((.......)))...((((..(((((...((.((.(((((.(((((((((((((...........)))..)))))))))).))))).)).))...))))).))))... mml AAUAUAAUUAUUACAUAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUUCUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAG---------------- miRbase -31.2 .................((((..(((((.((((....(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))))))).....))))).))))... cja ----------------AGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL Contig64:1062696-1062789(+) -31.3 .((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. tsy -----------AUUACAGCUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGC--------------- ENSEMBL scaffold_129346:2371-2471(-) -30.3 ......((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).....)))) mmr --------------ACAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAGUCGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_2624:40018-40113(-) -31.4 ...((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. oga ----------------AGUU-UUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGGGAACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUCAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_40297:660-753(+) -30.2 .((((.(((((...((.((.(((((..((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. tbe --------------ACAGCUUUUGAUGUCGC-GGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGC--------------- ENSEMBL GeneScaffold_1551:200980-201077(-) -31.4 ...((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).))))....))))).....)))) cpo --------------ACAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- UCSC ENSEMBL scaffold_48:8653810-8653905(+) -31.3 ...((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. dor ---------UCAUUACAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_12639:30396-30496(-) -31.4 ........((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. mmu -AAACAUAGUCAUUACAGUUUUUGAUGUUGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGACUGGAUAAGACUUAAUCCCCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- miRbase UCSC ENSEMBL 11:28663728-28663835(+) -37.1 ................((((..(((((((.((.((.(((((.(((((((((..((((........))))...))))))))).))))).)).)).))))))).)))).. rno --ACCACAGUCAUUGUAGUUUU-GAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGACUGGAUAAGACUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACA------------------ miRbase UCSC ENSEMBL 14:109673480-109673584(+) -32.6 ...............((((.(((((...((.((.(((((.(((((((((.(((....(((...))).)))))))))))).))))).)).))...))))).)))). str -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- opr -----------AUUAAAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUACAAAUAUAUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL GeneScaffold_224:8485-8583(-) -32.1 ......((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..((((......))))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. ocu -----------AUUACAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCUGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_2:30353847-30353945(-) -32.5 ......((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..((((......))))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. bta AAUAUAAUUAACACAGAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCGGUCACCAUCAGUUCCUCAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAG---------------- miRbase UCSC ENSEMBL 11:40134638-40134747(-) -31.4 .................((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).))))... ttr -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- vpa ----------------AGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUGAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_1134:53815-53908(-) -37.5 .((((..(((((...((.((.((((((((((((((((..(((........)))...)))))))))))))))).)).))...))))).)))).. ssc ---AUAAUUAUUACAGAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUUGGUCACCAUCAGUUCUUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAG---------------- miRbase ENSEMBL 3:79172584-79172690(+) -28.7 ..............((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).))))... cfa ---------------------UUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUGGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCU----------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 10:59902985-59903066(-) -28.7 ..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))). fca ----------------AGUUUUUGAUGUCGU-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUGGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL GeneScaffold_1371:221309-221402(-) -32.1 .((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. eca -----------------------------------UACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUG----------------------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 15:44376604-44376660(+) -22.6 ...(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).)))))... mlu ----------------AGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_1270:59069-59162(-) -31.4 .((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. pva ----------------AGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCGGUUACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL GeneScaffold_1048:114192-114285(-) -31.0 .((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((.((.(((.......))))))))))))))).))))).)).))...))))).)))).. eeu ------------------UUUUUGAUGUCGU-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGUAUAAGAAUGUGCCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUACCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_304608:22935-23026(+) -29.4 .....(((((...((.((.(((((.((((((((((.(((((....)))))....)))))))))).))))).)).))...)))))....... sar -------------------UUUUGAUGUCGU-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAAAAUGGGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_229366:93335-93425(+) -29.4 ....(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...)))))....... cho ---------------CAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAGAAUCAGUCAUCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_12477:22191-22285(-) -31.3 ..((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. ete -------------------UUUUGAUGUUGC-AGGUACUGCAUCAGG-AACUGAUCGGAUAAGUAUCUGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCAGCAUCUAA--------------------- ENSEMBL GeneScaffold_2472:195251-195337(-) -41.7 ....(((((((.(((((.(((((.((((((((((..((((......))))...)))))))))).))))).))))).)))))))... laf ----------------AGUUUUUGACGUUGC-AGGUACUGCAUCAGG-AACUGAUCGGUUAAGUAUCCGUCACUGUCAAUUCCUAAUGCGCUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL scaffold_52:6068114-6068207(+) -32.8 .((((..((.((((.(((((.(((((.(((((.(((((((........))).....)))).))))).))))).))))).)))).)).)))).. pca -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- meu ----------------AGUUUUUGAUGUCGU-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAUAUUCAGGCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- ENSEMBL Scaffold6573:39116-39209(+) -31.04 .((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((.((..............)))))))))))).))))).)).))...))))).)))).. mdo ---------------------UUGAUGUCGU-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAUAUUCAGGCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCU----------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 1:638507640-638507721(+) -28.34 ..(((((...((.((.(((((.((((((((((.((..............)))))))))))).))))).)).))...))))). oan --------CCGAGCCGAGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAUAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCUUCCAUG-------- miRbase UCSC ENSEMBL Contig92704:622-731(+) -33.8 ..((((...((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).))))..))))..... gga ---AAAGUCACUGCAGAGUUCUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAUAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAG---------------- miRbase UCSC ENSEMBL 3:280139-280245(-) -30.1 ..............(((...(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...)))))..)))... mga ----------------AGUUUUUGAUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAUAAUCAGUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAA----------------- UCSC ENSEMBL 2:2304447-2304540(+) -31.3 .((((..(((((...((.((.(((((.((((((((((..(((........)))...)))))))))).))))).)).))...))))).)))).. tgu ------------------------AUGUCGC-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUAAUAAUCACUCACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCA----------------------------- miRbase ENSEMBL 3:28151737-28151809(+) -24.04 .....((((....(((((.((((((((((.((..............)))))))))))).)))))))))..... aca -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- xtr ---------------------UUGAUGUUGU-AGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUCCCAGGGAGCAGCCAUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCGGCAUCUA---------------------- miRbase UCSC ENSEMBL scaffold_242:1208817-1208899(+) -35.8 ..(((((((.((.((.(((((.((((((((((.((.(((...)))....)))))))))))).))))).)).)).))))))).. dre ----------------------UGAUGUUGG-UGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGAUGAUAUUCAGGAGCCAUCAGUUCCUGAUGCACUCCCA-------------------------------- UCSC ENSEMBL 22:31474885-31474957(-) -33.1 ......(((.((...((((((((((((((((.((.((.....))....)))))))))))))))))).))))) gac -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ola ------------------------------A-UGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGCUGAUACUCAGUUGCCAACAGUACCUGGUGCAUUACCUUCAGCAUC------------------------ UCSC ENSEMBL 15:21350212-21350284(-) -27.2 .(((((.(((((((((.((((.(((((............))))))))).))))))))).))...)))..... tru --------------------------GCGGA-UGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGCUGAUGCUUUUUACCCAACAGUACCUGAUGCAUUGCCUUCAGCAU------------------------- UCSC ENSEMBL scaffold_86:820228-820303(-) -29.2 ((.((...((.(((((((((.((((.((((.(((......))).)))))))).))))))))).))...)).)).. tni -------------------UCUUGAUGUGGA-UGAUACUGCAUCAGG-AACUGAUUGGCUGAUGCUUAGUACCCAACAGUACCUGAUGCAUUGCCUUCAGCAUUGAAAGA------------------ miRbase UCSC ENSEMBL 17:5748304-5748392(+) -31.0 (((((((((((......))))))))))).((((..(((.((((((((((((......))).)))).)))))))).)))).......... cin --------------------AUAGUUGUCGUGAUUUACUGCAUUAGG-AACUGAUUGGUCCAAAAAC--CUCCAAUCAUAUCCUUGUGCAUUAUAUUUCGGGA--ACGACUCACUUCAAAGUUAAACA miRbase -28.2 ...(((.(((.(((.((.(((((.((((..(((((((...........)))))))..)))).))))).)).))).))).)))((((........))))..... csa --------------------GAAAGUGGGGCGAGAUACUGCAUUAGG-AACUGAUUGGUUGUUAA----UUUCACUCAGUUUCAGGUGCAUUAAAUUGCUACACUAUAUGUCAUCCACCAGUAUGAG- miRbase ENSEMBL reftig_16:3925235-3925336(+) -31.1 ...((((..((((..((.(((((..((((((((.(((.........))).))))))))..))))).))..))))..)))).....((((........)))). dme -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- cel -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- * ****** *** ****** * ** *** * ******** *** ****** ** * * ** * *** **** * * * * ************ ********** * * * **** *** **** * ** * * * ************ ********** * * * ************ ***** * **** *** * ************** ********** * * * * ************ ******* ***** * ***** * ************** ********** * * * * ************ ****************** * ***** * *************** ************ * * * * ************ ******************* ******* * *************** ************** * * ** ************ ********************* ******* * *************** ************** * * **************** ********************* ******* * *************** ************** * * ************************************** * ********* *************** ************** *** **************************************** * ********* *************** ************** **** **************************************** * * ********** *************** ************** **** ****************************************** ************ *************** ************** **** ******************************************* ** ************ *************** ************** **** ******************************************* *************** *************** ******************* ******************************************* *************** *************** ******************* ******************************************* *************** *************** ******************* ******************************************* *************** *************** *************************************************************** *************** *************** *************************************************************** *************** *************** *************************************************************** *************** *************** *************************************************************** *************** *************** *************************************************************** *************** *************** *************************************************************** *************** *************** *************************************************************** *************** *************** *************************************************************** * *************** *************** *************************************************************** * *************** *************** *************************************************************** * *************** *************** *************************************************************** * *************** *************** *************************************************************** * *************** *************** *************************************************************** * *************** *************** *************************************************************** * * *************** *************** **************************************************************** * * ** *************** *************** **************************************************************** * * * * ****************** *************** **************************************************************** ******* ******************** *************** **************************************************************** * ***************************** *************** **************************************************************** * ***************************** *************** **************************************************************** ******************************* *************** **************************************************************** ******************************* *************** ***************************************************************** *********************************************** ********************************************************************** *** * ********************************************************************************************************************************