hsa --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:65238712-65238821(+) -47.2 .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))
ptr --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:65229619-65229728(+) -47.2 .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))
ggo --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase -47.2 .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))
ppy --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:63380851-63380960(+) -47.2 .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))
mml --------CCCGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:64563509-64563618(+) -42.4 ...((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))..
cja --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGACACAUGCUUA--------- ENSEMBL Contig615:578273-578379(+) -40.6 ...........((((((.((((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))))).))).)))...
tsy --------CCUGGUCUCCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUGGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------ ENSEMBL GeneScaffold_5208:38296-38399(+) -40.7 ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
mmr ------------GCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ ENSEMBL scaffold_5858:31606-31705(+) -42.6 .......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
oga -----------------CUGCAGUGCCACACUCUGUGUAUUUGACAGGCUGAGUGGAACACUCAGUUUA-AUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG---------------------- ENSEMBL scaffold_17181:44076-44160(+) -28.3 ...........((((.((.((((((((((((((((......(((((.........)))))))))))))))))))))..))))))
tbe ---------CUGGCCUCCUGCAGUGCUUCACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACCUGCUUA--------- ENSEMBL GeneScaffold_4687:166021-166126(+) -41.5 ..........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).)))).))))...
cpo ------------------UGCAGUACCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ UCSC ENSEMBL scaffold_122:2726051-2726144(+) -36.4 .(((((.((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).)).)).)))
dor ---------CUGGCUUCCAGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACCUGCCUAGCA------ ENSEMBL GeneScaffold_4193:59528-59636(+) -46.8 ...(((....((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).)))).))))..))).
mmu --------UCUGGCCAUCUGCAGUGUCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGGCUCAUGCCUAUCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:93438156-93438265(+) -44.5 .((((......(((..((((((((....((((((((((((((......(((((((((.....)))))))))))))))))))))))....))))))))...)))...))))
rno --------UCUGGCCUUCUGCAGUGUUACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGGCUCAUGCUUAUCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:83869053-83869162(+) -43.1 .((((......(((..((((((((....((((((((((((((......(((((((((.....)))))))))))))))))))))))....))))))))...)))...))))
str --------CCUGGCCUCCAGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCC-AAGUGCGGCACAUGCUUA--------- ENSEMBL GeneScaffold_3572:36168-36273(+) -44.2 ..........(((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))).))))).))))..
opr ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ocu --------CCUGGCCUCUUGCAGUGCCUCGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUA--------- ENSEMBL scaffold_54:3120746-3120852(+) -43.4 ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...
bta --------CCCAGCCUCCUGCAGUGCCAUGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUA-GUAG--UGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGGCAUAUGCCUAGCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:56723506-56723613(-) -41.0 ....((.....(((((((((((((....((((((((((((((((.....((((.....)).))....))))))))))))))))....)))))))))).)))...))..
ttr ------------GCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCAUGUA-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------ ENSEMBL scaffold_96670:13286-13385(+) -40.3 .......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
vpa ------------GCCUCCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUA-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------ ENSEMBL scaffold_5225:9168-9267(+) -40.7 .......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
ssc ----------------CCUGCAAUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUA-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------ ENSEMBL X:51247491-51247586(-) -40.3 ...((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
cfa --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCAUGUG-GAAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ miRbase UCSC ENSEMBL X:53762315-53762417(+) -43.0 ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
fca ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
eca -------GCCCAGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ miRbase UCSC ENSEMBL X:48492588-48492691(+) -42.6 ............((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
mlu -----------GGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUGUG------------- ENSEMBL GeneScaffold_3652:28397-28496(+) -38.9 ........(((.((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))))).
pva --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ ENSEMBL GeneScaffold_2372:67467-67570(+) -42.6 ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))
eeu -------------CCUCUUGCAAUGUCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCAUAUG-GAAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGCU----------- ENSEMBL scaffold_364297:5396-5495(+) -38.8 ......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).))).
sar --------------------------------CCGCGUAUUUGACAAGCUGAAUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCA----------------- ENSEMBL scaffold_196592:11835-11909(+) -30.31 ((((((((((((((((((((.((...(((.....)))...))...)))))))))))))))).......))))..
cho ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ete --------------CUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGAUAAACUGAAUUAGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCUCAUGC------------ ENSEMBL scaffold_304610:43393-43490(+) -36.9 .....(((..(((.((((....(((((((((((((((((((...(((.....)))....))).))))))))))))))))....)))).)))...)))
laf --------CCUGGCCUCCUGCAGUGUCACGCUCCGUGUAUUUGAUAAGCUGAGUUGGACACUUCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ ENSEMBL scaffold_24:41857362-41857465(+) -36.8 ...........((((((((.((((....((((((((((((((((.((...(((.....)))...))...))))))))))))))))....)))).))))).)))
pca --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCUAUGCUACGUGUAUUUGAUAAGCUGAGUUGGACACUUCAUGUU-GUACAGUGUCAGUUUGUCAAAUACUCUAAGUACAGCACAUGC------------ ENSEMBL scaffold_53998:6932-7035(+) -35.5 ...........((((((((.((((....((((((((((((((((..((.((((.....)).)).))...))))))))))))))))....)))).))))).)))
meu ----------------CCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUCAGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGACAUUU-------------- ENSEMBL Scaffold20791:36632-36725(-) -29.8 .....((((...((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....))))...)))).
mdo ----UCUGGCCCAGAUCCUUCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUC-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCAUUUGCCUAG-------- miRbase UCSC ENSEMBL X:10078238-10078348(-) -42.9 ...(((...((....))((((((.((((....((((((((((((((((.((((((((...))))).)))....))))))))))))))))....)))).)))))).)))...
oan GCGACCACGUGACCACACCGCAGUGCCGCGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUGGUUUGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCUAAGUGAGGCAUGCUCACCCAUGUUUGC miRbase UCSC ENSEMBL Contig3675:6073-6196(+) -44.11 ((((.((.((((.......(((.((((.((((....((((((((((((((......(((((((..........)))))))))))))))))))))....)))).)))))))))))...)).))))
gga -----------------CUGCAGUGCAGCACUGCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUUGACACUCAGUCUG-GCAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCACUUGCUGAGCA------ miRbase UCSC ENSEMBL 4:232949-233048(+) -42.9 ..(((((((..((((....((((((((((((((......(((((((.((...)).)))))))))))))))))))))....))))..)))).)))......
mga -----------------------UGCAGCACUGCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUUGACACUCAGUCUG-GCAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCACUUGCU----------- UCSC ENSEMBL 9:220102-220191(+) -35.7 (((..((((....((((((((((((((......(((((((.((...)).)))))))))))))))))))))....))))..)))......
tgu ----------------------------------GUGUAUUUGACAAGCUGAGUCCGACACUCAGUGUG--CAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCA----------------- miRbase ENSEMBL 4A:6644931-6645001(-) -26.6 ..((((((((((((((......(((((((........))))))))))))))))))))).((......))..
aca ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
xtr ---------------------AGUGUGGCACUGAGUGUAUUUGACAAGCUGAGUCCGACACUCAAUGAG-ACAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCAC---------------- miRbase UCSC ENSEMBL scaffold_239:973555-973640(-) -36.3 .((((..((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....))))..))))
dre -----CUCUCCUCCUGAUCUAGACUCUUCUCUUAGAGUAUUUGACAGACUGUGGUUGACACUCGAUCUA-AAGGGGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGAGAGG------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 5:20263881-20263979(-) -34.2 ....................((((((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...))))))))
gac ----------------------------CACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUGUAUC-UCUGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG---------------------- UCSC ENSEMBL groupVII:17148077-17148150(-) -30.0 (((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))))
ola ----------------------------CACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUAUCUC-UGUGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG---------------------- UCSC ENSEMBL 14:17328713-17328786(-) -30.0 (((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))))
tru ----------------------------CACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGUUCUUGACACUCUUUAUA-CGCGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG---------------------- UCSC ENSEMBL scaffold_6:1249743-1249816(+) -29.4 (((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))))
tni -------------------CAGGCCCUUCACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGUGUUUGACACUCUGUAUC-UGCGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGG------------------- miRbase UCSC ENSEMBL Un_random:92603284-92603368(-) -35.8 ......((((((((...((((((((((((((......(((((((.((....)))))))))))))))))))))))...))))))))
cin ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
csa ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
dme ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
cel ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
* ******** * *** ***** * ****************** * ***
* ******** * *** ****** * * * ********************* *****
** ********** ****** * ******* * * *********************** *****
** ******************** ******* * * *****************************
* ** ******************** ******* * * *****************************
* ** ********************* ******* * * ***************************** *
* ** ********************* ******* * * ****************************** ***
* * ** ********************* ******* * * ****************************** ***
* ** * ** ********************** ******* * * ****************************** ***
***** * ** ********************** ******* *** * ****************************** ****
******* * ************************* ******* *** * ****************************** **** *
******* * ************************* ******* *** ******************************** **** ***
********* * ************************* ******** **** ******************************** **** ***
************ ************************* ******** **** ******************************** **** ***
************ ********************************** **** ******************************** **** ***
************* ********************************** **** ******************************** **** ***
* ************** ********************************** **** ******************************** **** ***
**************** ********************************** **** ************************************* ****
********************************************************* ************************************* ****
********************************************************* ******************************************
* ********************************************************* ******************************************
* ********************************************************* ******************************************
* ********************************************************* ******************************************
* ********************************************************** ******************************************
* ********************************************************** ******************************************
************************************************************ ******************************************
************************************************************* ****************************************** *
************************************************************* ****************************************** **
************************************************************* *********************************************
************************************************************* *********************************************
************************************************************* *********************************************
************************************************************* ********************************************* **
************************************************************* ********************************************* ***
************************************************************* ********************************************* ***
************************************************************* ********************************************* ***
************************************************************* *************************************************
************************************************************* *************************************************
************************************************************* *************************************************
* ************************************************************* *************************************************
**************************************************************** *************************************************
****************************************************************************************************************************