hsa --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:65238712-65238821(+)             -47.2        .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))       
ptr --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:65229619-65229728(+)             -47.2        .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))       
ggo --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase                                                 -47.2        .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))       
ppy --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:63380851-63380960(+)             -47.2        .((((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))))       
mml --------CCCGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGCUUACCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:64563509-64563618(+)             -42.4        ...((......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...))..       
cja --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGACACAUGCUUA---------              ENSEMBL Contig615:578273-578379(+)         -40.6          ...........((((((.((((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))))).))).)))...         
tsy --------CCUGGUCUCCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUGGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------              ENSEMBL GeneScaffold_5208:38296-38399(+)   -40.7           ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))           
mmr ------------GCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------              ENSEMBL scaffold_5858:31606-31705(+)       -42.6             .......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))             
oga -----------------CUGCAGUGCCACACUCUGUGUAUUUGACAGGCUGAGUGGAACACUCAGUUUA-AUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG----------------------              ENSEMBL scaffold_17181:44076-44160(+)      -28.3                     ...........((((.((.((((((((((((((((......(((((.........)))))))))))))))))))))..))))))                    
tbe ---------CUGGCCUCCUGCAGUGCUUCACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACCUGCUUA---------              ENSEMBL GeneScaffold_4687:166021-166126(+) -41.5          ..........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).)))).))))...          
cpo ------------------UGCAGUACCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------         UCSC ENSEMBL scaffold_122:2726051-2726144(+)    -36.4                .(((((.((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).)).)).)))                
dor ---------CUGGCUUCCAGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACCUGCCUAGCA------              ENSEMBL GeneScaffold_4193:59528-59636(+)   -46.8         ...(((....((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).)))).))))..))).        
mmu --------UCUGGCCAUCUGCAGUGUCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGGCUCAUGCCUAUCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:93438156-93438265(+)             -44.5        .((((......(((..((((((((....((((((((((((((......(((((((((.....)))))))))))))))))))))))....))))))))...)))...))))       
rno --------UCUGGCCUUCUGCAGUGUUACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGGCUCAUGCUUAUCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:83869053-83869162(+)             -43.1        .((((......(((..((((((((....((((((((((((((......(((((((((.....)))))))))))))))))))))))....))))))))...)))...))))       
str --------CCUGGCCUCCAGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCC-AAGUGCGGCACAUGCUUA---------              ENSEMBL GeneScaffold_3572:36168-36273(+)   -44.2          ..........(((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))).))))).))))..          
opr ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
ocu --------CCUGGCCUCUUGCAGUGCCUCGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGCUUA---------              ENSEMBL scaffold_54:3120746-3120852(+)     -43.4          ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))...         
bta --------CCCAGCCUCCUGCAGUGCCAUGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUA-GUAG--UGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGUGGCAUAUGCCUAGCAG----- miRbase UCSC ENSEMBL X:56723506-56723613(-)             -41.0         ....((.....(((((((((((((....((((((((((((((((.....((((.....)).))....))))))))))))))))....)))))))))).)))...))..        
ttr ------------GCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCAUGUA-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------              ENSEMBL scaffold_96670:13286-13385(+)      -40.3             .......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))             
vpa ------------GCCUCCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUA-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------              ENSEMBL scaffold_5225:9168-9267(+)         -40.7             .......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))             
ssc ----------------CCUGCAAUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUA-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGC------------              ENSEMBL X:51247491-51247586(-)             -40.3               ...((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))               
cfa --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCAUGUG-GAAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ miRbase UCSC ENSEMBL X:53762315-53762417(+)             -43.0           ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))           
fca ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
eca -------GCCCAGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------ miRbase UCSC ENSEMBL X:48492588-48492691(+)             -42.6           ............((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))          
mlu -----------GGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUGUG-------------              ENSEMBL GeneScaffold_3652:28397-28496(+)   -38.9             ........(((.((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))))).             
pva --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------              ENSEMBL GeneScaffold_2372:67467-67570(+)   -42.6           ...........((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).)))           
eeu -------------CCUCUUGCAAUGUCACGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUAGACACUCCAUAUG-GAAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCAUAUGCU-----------              ENSEMBL scaffold_364297:5396-5495(+)       -38.8             ......((((((((.((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....)))).))))).))).             
sar --------------------------------CCGCGUAUUUGACAAGCUGAAUUGGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCA-----------------              ENSEMBL scaffold_196592:11835-11909(+)     -30.31                          ((((((((((((((((((((.((...(((.....)))...))...)))))))))))))))).......))))..                         
cho ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
ete --------------CUCCUGCAGUGCCACGCUCCGUGUAUUUGAUAAACUGAAUUAGACACUCCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCUCAUGC------------              ENSEMBL scaffold_304610:43393-43490(+)     -36.9              .....(((..(((.((((....(((((((((((((((((((...(((.....)))....))).))))))))))))))))....)))).)))...)))              
laf --------CCUGGCCUCCUGCAGUGUCACGCUCCGUGUAUUUGAUAAGCUGAGUUGGACACUUCAUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGCGGCACAUGC------------              ENSEMBL scaffold_24:41857362-41857465(+)   -36.8           ...........((((((((.((((....((((((((((((((((.((...(((.....)))...))...))))))))))))))))....)))).))))).)))           
pca --------CCUGGCCUCCUGCAGUGCUAUGCUACGUGUAUUUGAUAAGCUGAGUUGGACACUUCAUGUU-GUACAGUGUCAGUUUGUCAAAUACUCUAAGUACAGCACAUGC------------              ENSEMBL scaffold_53998:6932-7035(+)        -35.5           ...........((((((((.((((....((((((((((((((((..((.((((.....)).)).))...))))))))))))))))....)))).))))).)))           
meu ----------------CCUGCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUCAGACACUCCGUGUG-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGACAUUU--------------              ENSEMBL Scaffold20791:36632-36725(-)       -29.8                .....((((...((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....))))...)))).                
mdo ----UCUGGCCCAGAUCCUUCAGUGCCACACUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUC-GUAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCAUUUGCCUAG-------- miRbase UCSC ENSEMBL X:10078238-10078348(-)             -42.9       ...(((...((....))((((((.((((....((((((((((((((((.((((((((...))))).)))....))))))))))))))))....)))).)))))).)))...       
oan GCGACCACGUGACCACACCGCAGUGCCGCGCUCCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCCGUGUGGUUUGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCUAAGUGAGGCAUGCUCACCCAUGUUUGC miRbase UCSC ENSEMBL Contig3675:6073-6196(+)            -44.11 ((((.((.((((.......(((.((((.((((....((((((((((((((......(((((((..........)))))))))))))))))))))....)))).)))))))))))...)).))))
gga -----------------CUGCAGUGCAGCACUGCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUUGACACUCAGUCUG-GCAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCACUUGCUGAGCA------ miRbase UCSC ENSEMBL 4:232949-233048(+)                 -42.9             ..(((((((..((((....((((((((((((((......(((((((.((...)).)))))))))))))))))))))....))))..)))).)))......            
mga -----------------------UGCAGCACUGCGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUUGACACUCAGUCUG-GCAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCACUUGCU-----------         UCSC ENSEMBL 9:220102-220191(+)                 -35.7                  (((..((((....((((((((((((((......(((((((.((...)).)))))))))))))))))))))....))))..)))......                  
tgu ----------------------------------GUGUAUUUGACAAGCUGAGUCCGACACUCAGUGUG--CAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCA----------------- miRbase      ENSEMBL 4A:6644931-6645001(-)              -26.6                           ..((((((((((((((......(((((((........))))))))))))))))))))).((......))..                           
aca ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
xtr ---------------------AGUGUGGCACUGAGUGUAUUUGACAAGCUGAGUCCGACACUCAAUGAG-ACAGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGGCAC---------------- miRbase UCSC ENSEMBL scaffold_239:973555-973640(-)      -36.3                    .((((..((((....((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))....))))..))))                   
dre -----CUCUCCUCCUGAUCUAGACUCUUCUCUUAGAGUAUUUGACAGACUGUGGUUGACACUCGAUCUA-AAGGGGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGAGAGG------------------- miRbase UCSC ENSEMBL 5:20263881-20263979(-)             -34.2             ....................((((((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...))))))))             
gac ----------------------------CACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUGUAUC-UCUGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG----------------------         UCSC ENSEMBL groupVII:17148077-17148150(-)      -30.0                          (((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))))                          
ola ----------------------------CACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGAGUUGGACACUCUAUCUC-UGUGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG----------------------         UCSC ENSEMBL 14:17328713-17328786(-)            -30.0                          (((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))))                          
tru ----------------------------CACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGUUCUUGACACUCUUUAUA-CGCGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUG----------------------         UCSC ENSEMBL scaffold_6:1249743-1249816(+)      -29.4                          (((((...((((((((((((((......(((((((.........)))))))))))))))))))))...)))))                          
tni -------------------CAGGCCCUUCACUUAGUGUAUUUGACAAGCUGUGUUUGACACUCUGUAUC-UGCGAGUGUCAGUUUGUCAAAUACCCCAAGUGAGG------------------- miRbase UCSC ENSEMBL Un_random:92603284-92603368(-)     -35.8                    ......((((((((...((((((((((((((......(((((((.((....)))))))))))))))))))))))...))))))))                    
cin ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
csa ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
dme ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
cel ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------                      
                                      * ******** *  ***      *****   *          ****************** * ***                        
                                      * ******** *  ***     ******   * *     * ********************* *****                      
                                  **  ********** ******  *  *******  * *     *********************** *****                      
                                  **  ********************  *******  * *     *****************************                      
                                * **  ********************  *******  * *     *****************************                      
                                * **  ********************* *******  * *     ***************************** *                    
                                * **  ********************* *******  * *    ****************************** ***                  
                           *    * **  ********************* *******  * *    ****************************** ***                  
                         * **   * ** ********************** *******  * *    ****************************** ***                  
                        *****   * ** ********************** *******  ***  * ****************************** ****                 
                       *******  * ************************* *******  ***  * ****************************** ****  *              
                       *******  * ************************* *******  ***  ******************************** ****  ***            
                     *********  * ************************* ******** **** ******************************** ****  ***            
                     ************ ************************* ******** **** ******************************** ****  ***            
                     ************ ********************************** **** ******************************** ****  ***            
                    ************* ********************************** **** ******************************** ****  ***            
                 * ************** ********************************** **** ******************************** ****  ***            
                 **************** ********************************** **** ************************************* ****            
                ********************************************************* ************************************* ****            
                ********************************************************* ******************************************            
             *  ********************************************************* ******************************************            
             *  ********************************************************* ******************************************            
             *  ********************************************************* ******************************************            
             * ********************************************************** ******************************************            
             * ********************************************************** ******************************************            
             ************************************************************ ******************************************            
            ************************************************************* ******************************************  *         
            ************************************************************* ****************************************** **         
            ************************************************************* *********************************************         
            ************************************************************* *********************************************         
            ************************************************************* *********************************************         
            ************************************************************* ********************************************* **      
            ************************************************************* ********************************************* ***     
            ************************************************************* ********************************************* ***     
            ************************************************************* ********************************************* ***     
            ************************************************************* *************************************************     
            ************************************************************* *************************************************     
            ************************************************************* *************************************************     
         *  ************************************************************* *************************************************     
         **************************************************************** *************************************************     
    ****************************************************************************************************************************